近年来，马教授负责国家杰出青年基金、国家863项目、国家自然科学基金，以及霍英东优秀青年教师基金等近10项重要课题，还主持或参与了十多项纵向和横向科研合作项目。1998年，马教授作为德国FraunhoferIGD国际图形学研究院的访问教授，参与重大国际合作项目“VirtualPrototype”，又作为客座教授赴新加坡南洋理工大学CAMTech先进多媒体中心，参与了新加坡-德国国际合作项目“VirtualFactory”。他的科研成果得到了国内外同行学者苏步青先生、唐荣锡先生和G.Farin等人的高度评价。

　　马教授创立的数字媒体与数据重建实验室是上海交大第一个专业的计算机图形学、计算机动画实验室，其研究领域主要包括计算机图形学、计算机动画、CAD、数字媒体和图像处理等。实验室科研力量雄厚，拥有一支具有扎实的专业理论知识和丰富项目开发经验的学术梯队。马教授负责的国家863课题“基于知识的概念创新设计系统”，通过综合应用三维建模及显示技术、网络虚拟现实技术、分布式网络技术和人工智能技术等，多渠道的知识获取和多层次推理的方法实现设计过程的智能支持；利用计算机图形与图像相结合的显示与绘制技术实现网络环境下三维建模及显示，运用三维重构技术实现CAD特征信息的转化及传递，通过网络平台实现协同设计及决策，开发基于Internet的具有普适性的智能化创新设计系统，既能支持普通客户通过浏览器身临其境地设计出个性化的产品方案，又能支持领域专家进行网络协同创新设计。国家自然科学基金课题“基于RBF插值与多分辨率表示的扫描数据重建与绘制理论”，主要研究利用RBF插值与多分辨率方法，创建一整套针对海量扫描数据的重建与绘制理论；“基于运动捕获数据的人体运动合成”研究利用获取的真实运动数据，合成计算机人体动画的一系列关键技术。

　　实验室正积极与上海、浙江等地的企事业单位合作，开展多个横向及预研项目的研究。同时，马教授带领实验室骨干力量，重点开展数字娱乐领域的游戏引擎和媒体网站等方面的研发工作。