一是企业对相关政策缺乏了解。如《配套政策》第八条：“企业用于研究开发的仪器和设备，单位价值在30万元以下的，可一次或分次摊入管理费，其中达到固定资产标准的应单独管理，但不提取折旧；单位价值在30万元以上的，可采取适当缩短固定资产折旧年限或加速折旧的政策”，有1052家企业未享受到该政策，占被调查企业总数的64.98%。主要原因是“企业不知道有该项政策”。

　　二是享受优惠政策的手续相对繁琐。150%加计抵扣政策、政府采购政策、政策性金融政策、商业性金融政策、风险投资政策、资本市场政策、保险服务政策、外汇管理政策等都存在手续繁琐，政策执行成本较高等问题，手续繁琐复杂影响了金融政策的执行和实施效果。

　　三是政府部门之间缺乏有效协调。150%税收抵扣政策、税收优惠激励社会资金捐赠创新活动政策、征信体系建设政策、风险投资政策、保险服务政策、外汇管理政策、政府采购自主创新产品政策、自主创新产品和技术首购和订购政策、鼓励和支持企业消化吸收再创新政策、重大装备制造企业自主创新专项资金给予资助和投保政策等均存在“政府职能部门协调不够，导致政策难以落实”的问题。

　　四是地方政府重视程度和财政能力存在一定差异。中部地区在150%抵扣政策、各种金融政策、政府采购政策、降低企业自主创新风险政策、消化吸收再创新政策、重大装备补助和投保政策、创新基地与平台政策等政策上执行面较小；东部地区在加速折旧、促进转制院所发展、知识产权资助、海外高层次人才等方面政策执行情况不佳；西部在创业风险投资企业发展支持政策、鼓励社会资金捐赠创新活动政策、商业性金融政策、应对国际技术性贸易壁垒政策方面执行情况较差。