1955年选聘为中国科学院院士（学部委员）。2007年获国家最高科学技术奖。

　　“原本山川，极命草木”，意思是“陈说山川之原本，尽名草木之所出”，为中科院昆明植物所所训，而吴征镒先生本人就是这一精神最忠实的实践者。半个多世纪以来，他心系云南，扎根边疆，献身科学。

　　他以花甲之龄，仍一次次到西藏、新疆等地考察。喜马拉雅山的雪峰上留下了他的足迹，塔什库尔干沙漠里的仙人掌与他说着只有他才懂的语言。

　　植物王国云南更是吴征镒考察最频繁的地区。每逢雨季，云南的红土地让这位植物学家可吃了不少苦头，因为吴征镒长了一双平脚板，走路不稳，经常摔跟头。

　　“大家给他送了个雅号叫‘摔跤冠军’，但是他满不在乎，因为摔跤还给他带来过意外收获。”昆明植物所原所长周俊院士讲了这样一个故事：有一次在文山考察，吴征镒在密林中摔了一跤，当他坐在地上的时候发现了一棵白色寄生植物，仔细一看就认出是“锡杖兰”，这是中国植物分布的新记录。

　　在考察的基础上，吴征镒主编完成了《西藏植物志》《云南植物志》等地区植物志，还主持或参与了《中国种子植物数据库》《中国高等植物图鉴》等编写工作。这些积累和研究为现在生物多样性、植物资源开发利用、分子进化与系统发育学等研究奠定了坚实的基础，在国际植物学界产生了重要影响。

　　从上个世纪五十年代起，吴征镒先后参加和主持了《全国植被区划》《中国植被》《中国植物志》等大型专著的编写工作。他总是自己做最基础的工作，从野外考察，到写出名录，再带领大家分科分属编写。除了植物的名称，科、属、种，定名人，发表日期，分布区及用途外，他还详细描述历代植物文献中的记载，一丝不苟。“在担任《中国植物志》主编的时候，凡是他看过的稿子，他都要仔细审核校对，在稿子上密密麻麻地修改，有时候审稿的意见比稿子本身字数还多。”昆明植物所副所长刘吉开说，他不用查阅任何工具书，总能给每一篇稿子把好关。

　　虽然在同行眼中，吴征镒已经算得上认识植物、了解植物的“活字典”，然而“勤奋”仍然是他的关键词。“哪怕每次在开会间隙的十分钟，他都要到标本馆里看他的标本。到了80多岁以后，每天早上工作三个小时，下午工作两个小时；到90岁以后，每天上午工作两个小时，下午工作一个小时，而且一周工作6天以上。”

　　2006年，九十高龄的吴征镒院士率领青年科学工作者着手整理研究我国清代著名的植物学专著《植物名实图考》及其《长编》，开启了我国植物考据学研究的新篇。2007年1月，他担任起国家编纂的《中华大典·生物学典》的主编，并且兼任《植物学分典》主编，继续为编纂这一贯通中外、上下古今的续脉巨著奉献力量。