科技日报记者 宋迎迎
8月28日，记者从中国水产科学研究院黄海水产研究所（以下简称“黄海水产研究所”）获悉，由中国工程院院士、黄海水产研究所研究员陈松林团队构建的海洋硬骨鱼类的综合功能与进化基因组数据库MFDB，已于近日正式上线，相关研究成果发表在《核酸研究》。据团队介绍，这是全球首个面向海洋硬骨鱼类的多组学整合数据库，将为鱼类基因功能解析、进化研究和分子育种提供一站式数据平台。
硬骨鱼类是现存脊椎动物中物种多样性最高的类群之一，涵盖了绝大多数重要海洋经济鱼类。然而，海量基因组、转录组数据长期分散在不同平台，数据标准不统一、功能注释不足，制约了跨物种比较和深度挖掘。MFDB系统整合了来自89个海洋硬骨鱼类物种的染色体级别基因组和3017套高质量转录组，并对231万余个基因进行了统一功能注释。通过整合多个权威数据库，该平台构建了标准化的基因功能注释体系，显著提升了数据的可用性与可比性。
在功能设计上，MFDB采用模块化架构，包含基因组、共线性、转录组、检索、序列比对、工具集六大核心板块，以及下载与帮助两大辅助单元。黄海水产研究所博士后高成斌介绍，与传统数据库大多只提供数据检索和下载不同，MFDB内置了泛基因集与核心基因集、微共线性与宏共线性分析、组织特异性基因共表达网络等特色分析模块。
MFDB兼容多种主流浏览器，无须注册即可免费访问，并集成多种常用生物信息学工具，使科研人员可以在同一平台完成数据查询、序列比对和进化分析等多项操作，实现“一站式”数据分析。
研究团队表示，MFDB的建成与开放共享，为海洋鱼类基因功能解析、调控网络构建和适应性进化机制研究提供了权威数据资源；通过跨物种比较基因组学分析，有助于揭示硬骨鱼类辐射进化与生态适应的遗传基础。同时，该平台也为生长、抗病、抗逆、性别决定等重要经济性状的基因挖掘与分子标记开发提供了高效工具，有望加速水产良种选育进程。
（研究团队供图）
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