科技日报记者 都芃
4月16日，数字生物领域企业百奥几何正式发布首个全场景原子级蛋白质大模型——GeoFlow V2。该模型首次以原子级精度统一蛋白质结构预测与从头设计两大核心能力，为生命大分子提供了从理解到创造的一站式解决方案。
相较现在业界主流模型“只能预测或只能生成”的单向能力，GeoFlow V2首次实现了蛋白质结构预测与从头设计一体化：既可以对已有蛋白进行精准结构预测，也可以从零构建全新蛋白结构和序列，并在性能指标、预测准确性及设计合理性上实现全面进化。
GeoFlow V2具备蛋白质复合物结构预测与建模能力，能够在各种约束条件下精准预测对接结构，广泛适用于抗原—抗体、蛋白—蛋白及蛋白—小分子等交互体系。在以抗体设计为代表的蛋白质设计任务中，GeoFlow V2展现出先进的设计结构合理性与结合成功率，实现了生成质量与命中效率的双重突破。GeoFlow V2生成结构的表位遵从性、虚拟筛选通过率等均显著优于此前产品。这意味着，在同样设计数量的前提下，GeoFlow V2能生成更多具有功能的候选分子，大幅提升蛋白设计项目的成功率。
GeoFlow V2具备全栈式的多模态蛋白质设计能力，可在不同类型的任务中实现与输入目标的高度灵活匹配。此外，GeoFlow V2能稳定输出结构合理、功能明确的候选设计，显示出其在药物研发、分子工程与合成生物学中的广谱适配能力。在抗原设计、抗体从头设计、功能蛋白设计、工业酶优化等多类型真实项目中，GeoFlow系列模型已显现出应用潜力，有望成为实现蛋白质“设计自由”的关键工具。
