科技日报记者 罗云鹏
记者4月25日获悉，基于华大智造平台，来自中国农业大学的研究团队发起并构建出全球首个10万规模鸡参考面板项目，并在第一阶段建立全球首个鸡类参考基因组资源库，有望为鸡种遗传变异图谱构建、人工选择研究和精准育种提供基础支撑。相关研究成果发表在国际期刊《基因组蛋白质组与生物信息学报》上。
群体基因组研究中，参考基因组面板是提升基因型填充精度的关键所在，目前牛和猪等经济动物已分别建立标准化参考资源，鸡作为全球饲养量最大的家禽，此前尚缺乏参考基因组面板。
在该研究中，华大智造DNBSEQ-T7基因测序平台以及MGISP-960高通量自动化样本制备系统、MGISTP-7000分杯处理系统为项目组提供了从样本处理到基因测序的系统支持。
“最初应用低深度重测序技术时采用了进口测序平台，但经过测序实测数据的对比，华大智造测序仪的数据准确性和数据质量与进口仪器相当。”中国农业大学教授胡晓湘介绍，华大智造测序仪在重复序列率明显低于进口平台，有助于得到更多的有效数据用于后续分析。
据悉，研究团队在第一阶段采用低深度测序获得10104份商品鸡样本，并搜集1847个高深度测序样本，构建出两个高质量子面板，系统评估出不同策略下的基因型填充性能，同时在模拟与真实性状中展示了其在GWAS和因果变异定位中的优势。
“我们借助AI深度学习与大语言模型方法，将基因组作为一门语言来进行深入的研究。”胡晓湘表示，“鸡的基因组弄明白后，对我们理解人类和其他动物疾病均有帮助，这是我们这个项目希望实现的意义。”
另悉，中国农业大学国家模式动物科学中心于2024年与华大智造达成战略合作，共建国家模式动物科学中心DCS Lab，华大智造高通量基因测序仪、全自动分杯处理系统、高通量自动化样本制备系统、全自动核酸提取纯化仪等多个平台及设备已入驻，以助力搭建从提取建库到测序的完善系统平台。
